邵俊征召原南京兵部尚书史可法，任命为其礼部尚书，

史可法历史上对大明十分忠心，且为官清廉，

但是统兵的能力只能说差强人意，邵俊实在不敢让其担任兵部相关的事宜。

原大理寺卿凌义渠，被任命为户部尚书。

大理寺卿一职，则由大理寺原本的左庶子马世奇担任。

邵俊恢复五军都督府职权，重新调整五军都督府任命，

孙传庭被任命为五军都督府左军都督兼任兵部尚书，

秦良玉为右军都督，由于其年龄已高，并没有让其担任其它职务。

中军都督仍由英国公担任，前军都督由黄得功担任，后军都督周遇吉。

五军都督除了中军都督英国公留守京师外，

其余四位都督则要驻守在东南沿海、云南川地、漠北草原、辽东平原四大战区。

五军都督负责镇守边疆，只有有募兵与练兵之权，

四大战区每年更是要为京师提供精锐士卒加入京营。

京营重组，以火器为主，由南明著名将领张煌言与张名振统领，

二人互不统属，共同向天子负责。

海军方面则组建了登州水师与福建水师两大水师舰队，

分别由郑成功与施琅统领，除了维护大明海防的安稳，还兼具着海上贸易的活。

其余官职一部分由翰林学院的编修顶上，

一部分从江南新式学堂中的学子中选出，

这是之前邵俊下江南时，临时兴起办的一所学堂。

在崇祯十九年更是加了一届恩科，朝廷宣布自此之后朝廷将不再八股取士，而是采用新式科举。

没了朝堂上的阻碍，在各部官员的配合下，全国开始重启张居正变法，

彻底废除人头税，实行摊丁入亩，使明朝快速恢复了生产力。