自从和帝去世后，邓骘兄弟就经常住在宫里帮忙处理事务，但邓骘不想一直待在宫里，于是就多次向太后请求回家，太后最后也是无奈的同意了。到了夏天四月，朝廷就给很多大臣封了侯，太傅张禹、太尉徐防、司空尹勤、车骑将军邓骘，还有城门校尉邓悝、虎贲中郎将邓弘、黄门郎邓阊都被封为了列侯，每人都能得到一万户的食邑，邓骘因为在拥立新皇帝时有功劳，就额外增加了三千户食邑。邓骘和他的弟弟们推辞了好几次，但最后还是接受了封赏。
五月甲戌日这天，长乐卫尉鲁恭被任命为司徒。鲁恭向朝廷建议说：“按照以前的规矩，立秋之后才开始处理一些不太严重的刑罚案件。但从永元十五年开始，就改成初夏就处理了。现在很多刺史、太守就借着这个由头，在农忙的夏天把农民叫去审问案子，结果耽误了种地。应该按照月令里‘孟夏断薄刑’的规定，小案子马上处理，大案子等到立秋之后再审。”朝廷觉得他说的有道理，就采纳了他的建议。丁丑日这天，北海王刘睦的孙子、寿光侯刘普被封为北海王。随后，九真边界外和夜郎的蛮夷部落也选择归附汉朝。
而西域这边呢？都护段禧等人虽然守住了龟兹，但因为通往汉朝的道路被阻断，所以消息都传不出来。朝廷的大臣们讨论后觉得：“西域离得朝廷太远，还老是造反，我们在那儿驻军、屯田，花了太多钱。”于是在六月壬戌日这天，朝廷就决定撤销西域都护这个官职，还派骑都尉王弘带着关中的士兵，去把段禧、梁慬、赵博，还有在伊吾卢、柳中屯田的官吏和士兵都接了回来。
想当初，烧当羌的首领东号的儿子麻奴，跟着父亲投降了汉朝，住在安定。那时候，投降的羌人分散在各个郡县，还经常被官吏和豪强欺负。所以，心里就积攒了很多怨气。王弘向西去接段禧的时候，就征调了金城、陇西、汉阳等地的羌人骑兵上千人一起走，郡县的官员还催着羌人赶紧出发。羌人害怕被派到远方后回不来，等走到酒泉的时候，就有一些人逃跑了。郡县派兵去阻拦，甚至还把羌人的村子给毁了。看到汉军的这行为，勒姐、当煎部落的大首领东岸等人都被吓坏了，于是就纷纷带着人逃跑了。麻奴兄弟就带着族人往西跑到塞外，还和先零部落的分支滇零、锺羌等人一起到处抢劫，把陇道都给阻断了。这些羌人已经归附汉朝很久了，手里没什么兵器，有的就拿竹竿树枝当武器，有的背着木板当盾牌，但郡县的官府根本管不住他们。丁卯日这天，朝廷就宣布赦免那些参与叛乱的羌人，希望能平息事端。
到了九月庚午日这天，太尉徐防因为出现的灾异现象、国内又有贼寇作乱，所以就被罢免了官职。从徐防这儿开始，就开启了三公因为灾异被免职的先例。仅仅过了一天，司空尹勤也因为水灾丢了官。
这时，仲长统在《昌言》里就吐槽当前的现象，言辞很是犀利。他说光武帝当年因为看到前面好几代皇帝大权旁落，被权臣欺负狠了，所以矫枉过正。虽然设置了三公的职位，但实际上不给他们实权，可一旦国家治理得不好，又把责任全推到三公身上。现在外戚独揽大权，宦官也深受宠信，朝廷里到处都是他们的亲信。人才选拔乱七八糟，贪官污吏横行霸道，老百姓生活更是苦不堪言，边疆外族也经常造反，天灾还连年不断。明明这些乱象都是外戚和宦官搞出来的，却要三公背锅，甚至被免职、赐死，真是让人既憋屈又气愤！而且，现在选三公只看重那些谨慎守旧的人，选上来的大多是些庸才，根本干不好活儿。要是指望这样的人给国家立功、让百姓受益，简直就是白日做梦！以前汉文帝宠信邓通，但依然能够坚持法度。现在外戚宦官权势大得吓人，谁要是得罪他们，马上就会被陷害，还怎么让他们去监督弹劾百官？以前三公权力大、责任小，现在倒是反过来了，权力小、责任却重得离谱。光武帝时期削弱三公的权力，到现在变本加厉；想不重用外戚，可几代人都没做到，这就是因为皇帝对外戚和三公亲疏有别啊！要是皇帝真正信任三公，让他们好好履职，结果还是有官员祸害百姓、用人不当、百姓不安、纠纷不断、天灾频发，这时候再怪罪三公才合理！
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壬午日这天，朝廷就发了一道诏书，要求太仆、少府裁减黄门鼓吹（宫廷乐师），并把裁撤下来的人补充到羽林军里；不是皇帝常用的马匹，就饲料减半；只要不是用来供奉宗庙、陵园的工程，全部停工。
庚寅日这天，太傅张禹被任命为太尉，太常周章当上了司空。大长秋郑众、中常侍蔡伦这些宦官仗着有权有势，经常插手朝廷事务。周章多次向太后直言劝诫，可太后根本不听。当初，太后因为平原王刘胜长期生病，又觉得殇帝年纪小好控制，所以就把殇帝收养，还立他做皇帝。殇帝去世后，大臣们觉得刘胜的病没那么严重，都想立他为帝。太后担心之前没立刘胜，他当了皇帝会报复，所以就选了现在的新皇帝。周章觉得大家心里都不服气，于是就密谋关上宫门，杀掉邓骘兄弟，还有郑众、蔡伦，再劫持尚书，并把太后软禁在南宫，把新皇帝封为偏远地方的王，改立平原王刘胜。结果计划泄露了，当年冬季十一月丁亥日这天，周章就自杀了。
戊子日这天，朝廷就给司隶校尉、冀州和并州刺史下令：“最近民间谣言满天飞，老百姓吓得不行，都抛弃老家，拖家带口的四处逃亡。你们这些地方官得亲自去安抚百姓，如果他们想回老家，官府就给开证明；要是不想回去，也别强迫他们。”
十二月乙卯日这天，颍川太守张敏被任命为司空。朝廷还下令，让车骑将军邓骘、征西校尉任尚带着五营将士和各郡士兵，总共五万人，驻扎在汉阳，防备羌人来犯。
就在这一年，全国有十八个郡国发生了地震，四十一个郡国发了大水，二十八个郡国遭遇了大风和冰雹。在这种情况下，鲜卑首领燕荔阳就来朝廷朝见太后，太后赏赐给了他王印、红色的车子和三匹马驾的车，让他住在乌桓校尉所在的宁城，还允许他和胡人开展贸易，又修建了南、北两部的质馆（供人质居住的馆舍）。鲜卑一百二十个部落纷纷派人到朝廷做人质。
公元108年，也就是孝殇皇帝永初二年，这一年从年头到年尾，大小麻烦事不断，我们来看看到底发生了啥。
春天正月，邓骘带兵到了汉阳，可各地支援的军队还没赶到。钟羌趁此机会，就派了几千人在冀西把和邓骘的军队打了一仗，结果邓骘吃了败仗，总共死了一千多人。梁慬本来在往敦煌走，接到命令后，就留在当地给各路军队当后援。梁慬到张掖后，就跟羌人打了一仗，这些羌人有一万多人，结果把羌人打得落花流水，羌人最后逃掉的只有两三成。接着梁慬又带兵到了姑臧，羌人的三百多个首领看他威风凛凛的，都选择向他投降，梁慬就好好安抚了他们一番，然后把他们送回了原来的地方。
当时，因为很多地方连年遭受水旱灾害，百姓日子过得特别艰难，御史中丞樊准就给朝廷上书说：“应该让太官、尚方这些官府减少不必要的开支，五府也得削减京城官吏和工匠的数量。受灾的地方，光靠救济根本解决不了问题，说是救济，其实没啥用。我们可以学学征和元年的做法，派使者带着符节去安抚百姓，那些日子实在过不下去的，就把他们迁到荆州、扬州这些富裕的地方。现在西边虽然在打仗，但东边这些受灾州郡的事儿更加急迫，得优先解决。”太后觉得他说的有道理，就把公田分给了贫民，还提拔樊准和议郎吕仓当光禄大夫。二月乙丑日这天，朝廷就派樊准去冀州、吕仓去兖州发放救济物资，那些逃荒的百姓这才缓了口气。
到了夏天，又闹起了旱灾。五月丙寅日这天，皇太后亲自到洛阳寺和若卢狱检查囚犯的案子。洛阳有个囚犯，根本没杀人，但是被严刑拷打，只能被迫承认自己杀人了。这人身体特别虚弱，见到太后的时候，吓得都不敢说话，临走的时候，抬头看了太后一眼，好像想说什么。只一眼，太后就发现了不对劲，马上就把他叫回来询问，等问清楚缘由后，才知道他是被冤枉的，当场就把洛阳令给抓起来治罪。神奇的是，太后还没回宫，天上就下起了大雨。