晋王杨广班师回朝，留下王韶镇守石头城，委托他处理后续事务。三月己巳日，陈叔宝与他的王公百官从建康出发，前往长安，沿途队伍连绵五百里不绝。隋文帝下令暂时分配长安士民的住宅供他们居住，内外修整一新，派遣使者迎接慰问；陈朝人抵达长安后，如同回到家乡一般。夏季四月辛亥日，隋文帝前往骊山，亲自慰劳凯旋的军队。乙巳日，各路军队凯旋入城，在太庙举行献俘仪式，陈叔宝及太子、诸王二十八人，司空司马消难以下至尚书郎共二百余人，被带到太庙廷中。隋文帝让纳言宣读诏书慰问他们；接着让内史令宣读诏书，责备他们君臣不能相互辅佐，导致国家灭亡。陈叔宝及其群臣都羞愧恐惧地趴在地上，屏住呼吸无法回应，随后隋文帝赦免了他们。
当初，武元帝（杨忠）迎接司马消难时，与他结拜为兄弟，情谊十分深厚，隋文帝一直以叔父之礼对待他。平定陈朝后，司马消难抵达长安，隋文帝特意免其死罪，将他发配为乐户，二十天后赦免，仍因旧日恩情接见他；不久司马消难在家中去世。
庚午日，隋文帝在广阳门宴请将士，从门外到城南郊，道路两旁堆积着布帛，赏赐各有等级，总共用了三百多万段布帛。下诏规定，原陈朝境内百姓免除十年赋税徭役，其余各州免除当年租赋。
乐安公元谐上奏说：“陛下威望德行远播四方，臣之前请求任命突厥可汗为候正，陈叔宝为令史，如今可以采纳臣的建议了。”隋文帝说：“朕平定陈国，本是为了铲除叛逆，并非想要夸耀。你的上奏，完全不符合朕的心意。突厥人不熟悉山川地形，怎能担任警戒侦察之职；陈叔宝昏庸嗜酒，岂能胜任驱使！”元谐沉默退下。
辛酉日，隋文帝晋升杨素为越公，任命他的儿子杨玄感为仪同三司，杨玄奖为清河郡公；赏赐布帛一万段，粮食一万石。让贺若弼登上皇帝的宝座，赏赐布帛八千段，加授上柱国，晋升爵位为宋公。还分别赏赐两人金银珠宝以及陈叔宝的妹妹为妾。
贺若弼与韩擒虎在隋文帝面前争夺功劳。贺若弼说：“臣在蒋山拼死作战，击败陈朝精锐部队，擒获其猛将，彰显朝廷威武，才得以平定陈国；韩擒虎几乎没有与敌军交战，怎能与臣相比！”韩擒虎说：“臣原本奉陛下明旨，令臣与贺若弼同时合力攻取陈朝都城，贺若弼却敢提前进军，遭遇敌军就交战，导致将士伤亡众多。臣率领五百轻骑兵，兵不血刃，直取金陵，降服任忠，擒获陈叔宝，占据其府库，捣毁其巢穴。贺若弼直到傍晚才攻打北掖门，是臣打开城门让他进入的。他赎罪还来不及，怎能与臣相比！”隋文帝说：“两位将领都是头等功勋。”于是晋升韩擒虎为上柱国，赏赐布帛八千段。有关部门弹劾韩擒虎放纵士兵，奸淫陈朝宫女；因此韩擒虎没有得到爵位和封邑的赏赐。
隋文帝晋升高颎为上柱国，晋升爵位为齐公，赏赐布帛九千段。慰劳他说：“你讨伐陈国后，有人诬告你谋反，朕已经将此人斩首。君臣志同道合，不是谗言所能离间的。”隋文帝从容地让高颎与贺若弼谈论平定陈朝的事情，高颎说：“贺若弼先献上十条计策，后来又在蒋山苦战破敌。臣只是个文官，怎敢与大将争论功劳！”隋文帝大笑，称赞他谦让有礼。
隋文帝讨伐陈朝时，让高颎向上仪同三司李德林询问计谋策略，然后传授给晋王杨广；至此，隋文帝赏赐李德林功劳，任命他为柱国，封为郡公，赏赐布帛三千段。诏书已经宣读完毕，有人劝说高颎：“如今将功劳归于李德林，各位将领必定会心怀不满，而且后世看来，你的功劳好像是虚的。”高颎入宫向隋文帝进言，才停止了对李德林的封赏。
任命秦王杨俊为扬州总管，统领四十四州军事，镇守广陵。晋王杨广返回并州。
晋王杨广诛杀陈朝五位奸佞之臣时，不知道都官尚书孔范、散骑常侍王瑳、王仪、御史中丞沈瓘的罪行，所以他们得以幸免；等到了长安，他们的罪行全部暴露。乙未日，隋文帝揭露他们的罪恶，将他们流放到边疆，以告慰吴、越地区的百姓。王瑳刻薄贪婪，嫉妒陷害有才能的人；王仪谄媚逢迎，献上两名女子以求得亲近；沈瓘阴险残忍，言语邪佞谄媚，所以三人同罪。
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隋文帝给予陈叔宝丰厚的赏赐，多次接见他，待遇与三品官员相同；每次参加宴会，担心他触景生情，特意不演奏吴地音乐。后来监守人员上奏说：“陈叔宝说：‘我既然没有官职爵位，每次参加朝会，希望能得到一个官号。’”隋文帝说：“陈叔宝真是全无心肝！”监守人员又说：“陈叔宝经常喝醉，很少有清醒的时候。”隋文帝问：“他每天喝多少酒？”回答说：“他与子弟们每天饮酒一石。”隋文帝大惊，下令节制他的酒，不久后又说：“随他去吧；不这样，他怎么打发日子呢！”隋文帝因陈氏子弟众多，担心他们在京城作乱，于是将他们分散安置在边疆各州，给予田地产业让他们谋生，每年按时赏赐衣服以保全他们。
隋文帝下诏任命陈朝尚书令江总为上开府仪同三司，仆射袁宪、骠骑将军萧摩诃、领军将军任忠都为开府仪同三司，吏部尚书吴兴人姚察为秘书丞。隋文帝赞赏袁宪的高尚节操，下诏称他为江南士大夫的表率，任命他为昌州刺史。听说陈朝散骑常侍袁元友多次直言劝谏陈叔宝，提拔他为主爵侍郎。对群臣说：“平定陈朝之初，我后悔没有杀掉任蛮奴（任忠）。他享受君主的荣华富贵，肩负重任，却不能以死报国，反而说‘无能为力’，与春秋时期为君主殉难的弘演相比，相差太远了！”
隋文帝召见周罗睺，安慰晓谕他，许诺给予他富贵。周罗睺流泪回答说：“臣蒙受陈氏的厚待，本朝灭亡，我却没有什么气节可称道。能免于一死，已是陛下的恩赐，怎敢奢望富贵！”贺若弼对周罗睺说：“听说你在郢州、汉口统领军队，我就知道扬州可以攻下。朝廷大军顺利渡江，果然如我所料。”周罗睺说：“如果能与你交锋，胜负还未可知。”不久，周罗睺被任命为上仪同三司。此前，陈朝将领羊翔前来投降，讨伐陈朝的战役中，被任命为向导，官至上开府仪同三司，位次在周罗睺之上。韩擒虎在朝堂上戏弄周罗睺说：“你不知道随机应变，如今位次在羊翔之下，能不惭愧吗！”周罗睺说：“从前在江南，久闻你的美名，认为你是天下有气节的壮士；如今你所说的话，太令我失望了。”韩擒虎面露愧色。
隋文帝责备陈朝君臣时，唯独陈叔文面露得意之色。不久后他又上表自述：“当初在巴州，我已经率先归顺，希望陛下了解此情，给予我不同于常人的待遇！”隋文帝虽然厌恶他不忠，但想要安抚江南地区，于是任命陈叔文为开府仪同三司，担任宜州刺史。
当初，陈朝散骑常侍韦鼎出使北周时，见到隋文帝就觉得他与众不同，对他说：“你必将富贵，富贵后天下就会统一，十二年之后，老夫我会归顺于你。”到陈朝至德初年，韦鼎担任大府卿，将全部田宅卖掉，大匠卿毛彪问他原因，韦鼎说：“江东的帝王之气，到此为止了！我和你将来都会埋葬在长安。”陈朝平定后，隋文帝召见韦鼎，任命他为上仪同三司。韦鼎是韦睿的孙子。
壬戌日，隋文帝下诏说：“如今天下大同，万物各得其所；太平盛世的法令，方可推行。所有臣民，都要修养身心，砥砺品德，家家自我修治，人人克制私欲。军队可以树立威望，但不可不收敛；刑罚可以辅助教化，但不可独断专行。除了皇宫的禁卫、四方的镇守之外，其余的军队武器，都应停止使用。天下已经太平，各地无事，习武之人，都可以学习经书；民间的兵器，全部销毁。向天下颁布告示，让所有人都明白朕的心意。”
贺若弼撰写了自己平定陈朝的策略上奏，称之为《御授平陈七策》。隋文帝不予查看，说：“你想要宣扬我的名声，我不求名声；你应该自己记载在家传中。”贺若弼地位尊贵，声望显赫，兄弟都被封为郡公，担任刺史、将领，家中的珍宝古玩不计其数，穿着绫罗绸缎的婢妾有数百人，当时的人都羡慕他。后来突厥使者前来朝见，隋文帝对他们说：“你们听说过江南的陈国天子吗？”使者回答说：“听说过。”隋文帝命令左右侍从带领突厥使者到韩擒虎面前说：“这就是擒获陈国天子的人。”韩擒虎神色严厉地看着他们，突厥使者惶恐不安，不敢抬头仰视。
左卫将军庞晃等人在隋文帝面前诋毁高颎，隋文帝大怒，将他们全部罢黜，对高颎的亲近礼遇更加深厚。并对高颎说：“独孤公（高颎），就像一面镜子，每次擦拭打磨，就更加明亮。”当初，高颎的父亲高宾是独孤信的部下，被赐姓独孤氏，所以隋文帝经常称呼他为独孤而不直呼其名。
乐安公元谐，性情豪爽侠义，有气魄风度。年轻时与隋文帝同学，关系十分亲密，隋文帝即位后，他多次担任显要官职。元谐喜欢抨击他人，不善于讨好隋文帝身边的人。他与上柱国王谊关系友好，王谊被诛杀后，隋文帝逐渐疏远猜忌他。有人告发元谐与堂弟上开府仪同三司元滂、临泽侯田鸾、上仪同三司祁绪等人谋反，隋文帝下令有关部门调查核实，上奏说：“元谐谋划让祁绪率领党项军队切断巴、蜀通道。此外，元谐曾与元滂一同谒见陛下，元谐私下对元滂说：‘我才是主人，殿上的人是叛贼。’还让元滂观察天象，元滂说：‘他的云气像蹲着的狗、奔跑的鹿，不如我们有富贵之相。’”隋文帝大怒，元谐、元滂、田鸾、祁绪全部被处死。
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闰月己卯日，隋文帝任命吏部尚书苏威为右仆射。六月乙丑日，任命荆州总管杨素为纳言。朝廷内外都请求隋文帝举行封禅大典，秋季七月丙午日，隋文帝下诏说：“怎能只因一位将军平定一个小国，就让远近之人瞩目，便称天下太平。以微薄德行登临名山祭祀，用虚妄言辞冒犯上天，这是我从未听说过的事。从今以后，凡有人提及封禅，一律禁止。”
左卫大将军广平王杨雄，深得隋文帝的宠幸和尊崇，与高颎、虞庆则、苏威并称为“四贵”。杨雄为人宽容，礼贤下士，朝野上下都倾心归附他，隋文帝厌恶他深得民心，便对他暗中猜忌，不想让他掌管兵权；八月壬戌日，任命杨雄为司空，实则剥夺了他的实权。杨雄失去职务后，便闭门谢客，不再与外人交往。
隋文帝即位之初，柱国沛公郑译请求修订雅乐，隋文帝下诏令太常卿牛弘、国子祭酒辛彦之、博士何妥等人商议此事，商议多年仍未决断。郑译说：“古代乐律有十二律，循环作为宫调，每律各用七声，后世无人能通晓其中道理。”郑译因龟兹人苏祗婆擅长琵琶，才得以掌握其中方法，由此推演出十二均、八十四调，用来校正太乐署演奏的音乐，发现其音律大多偏离标准。郑译又在七音之外另设一声，称为“应声”，并着书向朝廷宣示。他还与邳公世子苏夔商议用“累黍”之法确定律制。
当时人们认为音律长期以来无人通晓，并非郑译、苏夔一朝一夕就能确定。隋文帝向来不喜欢儒学，而牛弘对音律并不精通，何妥则因自己身为资深儒者，反而不如郑译等人而感到羞耻，常常想要阻挠此事，于是提出异议，反对十二律循环为宫及七调之说，大臣们竞相发表不同意见，各自结成朋党；有人建议让他们各自创作音乐，完成后再选择好的采用。何妥担心音乐制成后，优劣易见，便请求隋文帝当庭演奏测试，事先对隋文帝说：“黄钟律象征君主之德。”等到演奏黄钟调时，隋文帝说：“音律滔滔和雅，非常契合我的心意。”何妥趁机上奏请求只使用黄钟一宫，不必借助其他律调。隋文帝十分高兴，采纳了他的建议。
当时还有一位乐工名叫万宝常，精通钟律。郑译等人制成黄钟调后上奏，隋文帝召见万宝常询问意见，万宝常说：“这是亡国之音啊。”隋文帝听后很不高兴。万宝常请求用水尺确定律制，用来调谐乐器，隋文帝表示同意。万宝常制造了各种乐器，其音调比郑译所定的调式低二律，他对乐器的增减修改，不计其数。他所创制的音乐雅淡质朴，不被当时人喜爱，太常署中擅长音律的人大多排挤诋毁他。苏夔尤其忌恨万宝常，而苏夔的父亲苏威正当权，凡是谈论音乐的人都依附苏威而贬低万宝常，万宝常的音乐最终被苏威压制，未能推行。
平定陈朝后，隋朝获得了宋、齐时期的旧乐器以及江南的乐工，隋文帝下令在宫廷中演奏，感叹道：“这才是华夏的正声啊。”于是调整五音为五夏、二舞、登歌、房内等十四调，用于朝会和祭祀。并下诏令太常署设置清商署来掌管这些音乐。
当时天下已经统一，历代的器物都汇集到乐府。牛弘上奏说：“中国的传统音乐大多保存在江南地区。之前攻克荆州获得了梁朝的音乐，如今平定蒋州又得到了陈朝的音乐。根据史传记载，这些音乐都符合古代雅乐的标准，请加以修订整理，以备雅乐之用。而北魏的音乐以及北周所使用的音乐，夹杂了边疆少数民族的曲调，都不可采用，请全部停用。”冬季十二月，隋文帝下诏令牛弘与许善心、姚察以及通直郎虞世基共同审定雅乐。
己巳日，任命黄州总管周法尚为永州总管，安抚岭南地区，调拨黄州士兵三千五百人作为他的亲兵，陈朝桂州刺史钱季卿等人都前往周法尚处投降。定州刺史吕子廓占据山洞，拒不接受朝廷命令，周法尚率军进击并将其斩杀。