在此之前，杨勇看到一棵干枯的老槐树，问道：“这棵树能用来做什么？”有人回答说：“古槐最适合取火。”当时卫士们都佩戴着火燧，杨勇于是命令工匠打造了几千个火燧，想要分赐给身边的人；到这时，这些火燧在府库中被搜出。另外，药藏局储存了几斛艾草，也被搜了出来，隋文帝对此大为奇怪，就问姬威，姬威说：“太子的心思根本不在这些东西上，至尊在仁寿宫时，太子常常饲养一千匹马，还说：‘直接去守住城门，自然就能把至尊饿死。’”杨素用姬威的话质问杨勇，杨勇不服气，说：“我听说公家有几万匹马，我身为太子，养一千匹马，难道就是谋反吗！”杨素又搜出东宫中装饰华丽的服饰玩物，把它们全部陈列在庭院中，展示给文武百官看，作为太子的罪证。隋文帝和独孤皇后接连派使者责备杨勇，杨勇始终不服。
冬季，十月乙丑日，隋文帝派人召见杨勇，杨勇见到使者，惊慌地说：“难道是要杀我吗？”隋文帝身穿军服，陈列军队，驾临武德殿，召集百官站在东面，各位皇亲站在西面，把杨勇和他的儿子们带到殿庭中排列好，命令内史侍郎薛道衡宣读诏书，废黜杨勇以及他那些被封为王、公主的儿女，全部贬为平民。杨勇拜了两拜说：“我本该被斩首示众，作为后人的鉴戒；幸好承蒙陛下怜悯，得以保全性命！”说完，泪水浸湿了衣襟，然后行礼退下，左右的人没有不怜悯沉默的。长宁王杨俨上奏表请求担任宫廷侍卫，言辞恳切哀伤；隋文帝看后心生怜悯。杨素进言说：“希望陛下像砍去被毒刺扎到的手指一样果断，不应该再对他留情。”
己巳日，隋文帝下诏：“元旻、唐令则以及太子家令邹文腾、左卫率司马夏侯福、典膳监元淹、前吏部侍郎萧子宝、前主玺下士何竦，全部处斩，他们的妻妾子孙都没收为官奴。车骑将军榆林人阎毘、东郡公崔君绰、游骑尉沈福宝、瀛州术士章仇太翼，特别赦免死罪，各打一百杖，本人以及妻子儿女、财产田宅全部没收。副作大匠高龙叉、率更令晋文建、通直散骑侍郎元衡，全部处死。”于是在广阳门外召集百官，宣读诏书后将这些人处决。随后把杨勇转移到内史省关押，供给五品官规格的饮食。赏赐杨素三千段丝织品，元胄、杨约各一千段，以表彰他们审理杨勇案件的功劳。
文林郎杨孝政上书劝谏说：“皇太子是被小人误导，应该加以教诲，不应该废黜。”隋文帝大怒，用鞭子抽打他的胸膛。
起初，云昭训的父亲云定兴，出入东宫毫无节制，多次进献奇装异服和珍奇器物来讨好杨勇；左庶子裴政多次劝谏，杨勇不听。裴政对云定兴说：“您的所作所为不符合法度。另外，元妃突然去世，外面议论纷纷，这对太子的名声没有好处。您应该主动引退，否则将会招来祸患。”云定兴把这话告诉了杨勇，杨勇因此更加疏远裴政，后来把他调出京城，担任襄州总管。唐令则被杨勇亲近宠爱，杨勇常常让他教东宫的宫女弹唱，右庶子刘行本责备他说：“庶子应当用正道辅佐太子，怎么能在后宫中讨好取悦呢！”唐令则非常惭愧，但始终没有改正。当时沛国人刘臻、平原人明克让、魏郡人陆爽，都因为文学才华被杨勇亲近；刘行本对他们不能劝导保护太子感到愤怒，常常对这三个人说：“你们只知道读书罢了！”夏侯福曾经在阁内和杨勇嬉戏，夏侯福放声大笑，声音传到外面。刘行本听到后，等他出来，就责备说：“殿下宽容，对你和颜悦色。你是什么小人，行事竟敢如此轻慢无礼！”于是把他交给执法官员治罪。几天后，杨勇为夏侯福求情，才把他释放。杨勇曾经得到一匹好马，想要让刘行本骑上观看，刘行本严肃地说：“至尊任命我为庶子，是希望我辅佐殿下，不是让我做殿下的弄臣。”杨勇感到惭愧，于是作罢。等到杨勇被废黜时，裴政和刘行本已经去世，隋文帝感叹说：“如果裴政、刘行本还在，杨勇不至于落到这个地步。”
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杨勇曾经宴请东宫官员，唐令则亲自弹琵琶，演唱《娬媚娘》。洗马李纲起身对杨勇说：“唐令则身为东宫官员，职责是辅佐教导太子；却在大庭广众之下把自己当作歌舞艺人，演唱淫靡之音，污染视听。这件事如果被皇上知道，唐令则的罪责难以预料，难道不会连累殿下吗！我请求立刻治他的罪！”杨勇说：“我只是想取乐罢了，你不要多管闲事！”李纲于是快步退出。等到杨勇被废黜，隋文帝召见东宫官员严厉责备，众人都惶恐不安，没有人敢回应。只有李纲说：“废立太子是大事，如今文武大臣都知道这样做不合适，却没有人敢说话，我怎么敢怕死，不向陛下把话说清楚呢！太子的本性是中等水平，可以变好，也可以变坏。如果陛下当初选择正直的人辅佐他，他完全能够继承皇位，保住大业。如今却任命唐令则为左庶子，邹文腾为家令，这两个人只知道用弹唱、打猎来取悦太子，太子怎么会不落到这个地步呢！这是陛下的过错，不是太子的罪过。”说完趴在地上流泪呜咽。隋文帝沉默了很久，神色凄惨地说：“李纲责备我，并不是没有道理，但是你只知其一，不知其二。我选择你做东宫官员，而杨勇却不亲近信任你，即使再换正直的人，又有什么用呢！”李纲回答说：“我之所以不被太子亲近信任，确实是因为奸臣在他身边的缘故。陛下只要杀掉唐令则、邹文腾，再选拔贤才辅佐太子，怎么知道我最终会被疏远抛弃呢！自古以来，废黜嫡长子，很少有不导致国家危亡的，希望陛下慎重考虑，不要留下后悔。”隋文帝听后很不高兴，便结束了朝会，左右的人都为李纲感到害怕。恰逢尚书右丞一职空缺，有关部门请求任命人选，隋文帝指着李纲说：“这是合适的右丞人选！”立刻任命他担任尚书右丞。
太平公史万岁从大斤山返回，杨素嫉妒他的功劳，对隋文帝说：“突厥本来已经投降，最初并没有侵犯边境，只是来边塞放牧罢了。”于是压下了史万岁的功劳不报。史万岁多次上书陈述情况，隋文帝始终没有醒悟。隋文帝废黜太子后，正在彻底追查东宫的党羽。隋文帝问史万岁在哪里，史万岁其实就在朝堂上，杨素却说：“史万岁去拜见东宫太子了！”以此激怒隋文帝。隋文帝信以为真，下令召见史万岁。当时史万岁率领的将士有几百人在朝堂上喊冤，史万岁对他们说：“我今天一定向皇上为你们极力申诉，事情一定会有结果。”见到隋文帝后，史万岁说：“将士们立下功劳，却被朝廷压制！”言辞慷慨激昂。隋文帝大怒，命令左右侍从将他打死。不久后又派人去追悔，但是已经来不及了，于是下诏陈述史万岁的罪状，天下人都为他感到冤枉惋惜。
十一月戊子日，隋文帝立晋王杨广为皇太子。当天天下发生地震，太子杨广请求降低自己的礼仪等级，东宫官员不再对自己称臣。十二月戊午日，隋文帝下诏批准了他的请求。任命宇文述为左卫率。起初，太子杨广谋划夺取太子之位时，洪州总管郭衍参与其中，因此征召郭衍担任左监门率。
隋文帝把前太子杨勇囚禁在东宫，交给太子杨广掌管。杨勇认为自己被废黜是无辜的，便多次请求拜见隋文帝申诉冤情，但都被杨广阻止，无法上达。于是杨勇爬上大树大喊，声音传到隋文帝的住处，希望能被召见。杨素趁机说杨勇心神错乱，被疯鬼附身，已经无法挽救。隋文帝相信了他的话，最终没有召见杨勇。
起初，隋文帝攻克陈朝后，天下人都认为将会迎来太平盛世，监察御史房彦谦私下对亲信说：“皇上猜忌刻薄且残酷，太子软弱无能，各位藩王专权跋扈，天下虽然安定，却正在担忧会发生危乱。”他的儿子房玄龄也秘密对房彦谦说：“皇上本来没有什么功德，靠欺诈夺取天下，各个儿子都骄奢不仁，一定会自相残杀，如今虽然表面太平，但隋朝的灭亡指日可待。”房彦谦是房法寿的玄孙。
房玄龄和杜果兄长的孙子杜如晦都被选入朝廷任职，吏部侍郎高孝基善于识人，见到房玄龄后，感叹说：“我见过的人很多，没有像这位年轻人这样的，将来必定会成为栋梁之材，可惜我看不到他成就大业了！”见到杜如晦后，对他说：“你有随机应变的才能，一定会承担国家栋梁的重任。”高孝基把自己的子孙都托付给了他们。
隋文帝晚年深信佛教、道教和鬼神之说，辛巳日，首次下诏：“有盗窃、毁坏佛像以及天尊像、五岳、四镇、四海、四渎神像的人，按不道罪论处；和尚毁坏佛像、道士毁坏天尊像的人，按恶逆罪论处。”
这一年，征召同州刺史蔡王杨智积入朝。杨智积是隋文帝弟弟的儿子。他生性谨慎，家门没有私人拜访，生活简朴，隋文帝因此非常怜爱他。杨智积有五个儿子，只教他们读《论语》《孝经》，不让他们结交宾客。有人问他原因，杨智积说：“你不是了解我的人！”他的意思是担心儿子们有才能而招来祸患。
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齐州行参军章武人王伽押送流放囚犯李参等七十多人前往京师，走到荥阳时，怜悯他们旅途辛苦，就把他们全部叫过来说：“你们自己触犯了国家法律，身陷牢狱，本来是应该的；但辛苦押送你们的士兵，你们难道不感到惭愧吗！”李参等人向他道谢。王伽于是全部解开他们的枷锁，让押送的士兵停留下来，和他们约定说：“某天必须到达京师，如果到期不到或者中途逃跑，我会为你们去死。”于是离开他们继续前行。流放的囚犯们感动喜悦，都按时到达京师，没有一个人逃跑叛离。隋文帝听说后非常惊异，于是召见王伽并和他交谈，称赞了很久。又召见所有流放的囚犯，让他们带着妻子儿女一起入宫，在殿庭中设宴款待并赦免了他们。隋文帝因此下诏说：“所有生灵，都有善恶本性，都知道是非对错。如果用至诚之心对待他们，明确加以劝导，那么风俗一定会得到教化，人们都会向善。过去因为天下战乱流离，道德教化废弛断绝，官吏没有慈爱之心，百姓怀有奸诈之意。我想要遵循圣人的法度，用道德教化百姓，而王伽深刻理解我的心意，诚心劝导，李参等人受到感化，主动前往司法部门服罪：这说明天下的百姓，并不是难以教化的。如果所有官员都像王伽这样，百姓都像李参等人这样，那么不用刑罚就能治理好国家，又有什么遥远呢！”于是提拔王伽为雍县县令。
太史令袁充上奏表说：“隋朝建立以来，白天的时间逐渐变长，开皇元年，冬至那天的日影长度是一丈二尺七寸二分；从那以后逐渐变短，到开皇十七年，比原来短了三寸七分。太阳离北极星近，日影就短，白天就长；离北极星远，日影就长，白天就短；太阳运行在黄道内侧，离北极星就近，运行在黄道外侧，离北极星就远。据《元命包》记载：‘日月运行在黄道内侧，天体运行就会正常。’《京房别对》说：‘天下太平，太阳运行在黄道上方；天下升平，运行在黄道中间；称霸天下的时代，运行在黄道下方。’大隋开启国运，上感上天，日影变短，白天变长，这是自古以来罕见的祥瑞。”隋文帝上朝时，对百官说：“日影变长的祥瑞，是上天的保佑。如今太子刚刚确立，应当更改年号，应该取白天变长的意思来制定年号。”从此以后，所有工匠的劳役，都增加了工作量，就是因为白天变长的缘故。工匠们都为此感到困苦。
到了公元601年春季，正月乙酉朔日，朝廷大赦天下，更改年号为仁寿。
接着，又任命尚书右仆射杨素为左仆射，纳言苏威为右仆射。丁酉日，改封河南王杨昭为晋王。突厥步迦可汗侵犯边境，在恒安击败代州总管韩弘。
六月，乙丑日，隋文帝下诏，认为天下学校的学生太多但不精良，只挑选留下国子学学生七十人，太学、四门学以及州县的学校全部废除。前殿内将军河间人刘炫上书恳切劝谏，隋文帝不听。秋季，七月戊戌日，将国子学改为太学。
起初，隋文帝接受北周的禅让，担心民心不服，所以常常宣扬祥瑞来炫耀自己的德行，因此伪造祥瑞并进献的人，数不胜数。冬季，十一月己丑日，在南郊举行祭祀，仪式如同封禅大典，祭文详细叙述了前后出现的祥瑞，来报答上天的保佑。
山獠发动叛乱，任命卫尉少卿洛阳人卫文昇为资州刺史，前去镇抚。卫文昇本名卫玄，以字行世。他刚到任时，山獠正在攻打大牢镇，卫文昇单人独骑前往山獠的营地，对他们说：“我是刺史，奉天子的诏书，来安抚养育你们，你们不要惊慌害怕！”众獠人没有一个敢乱动。于是卫文昇向他们陈述利害关系，獠人的首领受到感动，撤兵离去，前后归附的獠人有十多万口。隋文帝非常高兴，赏赐他二千匹细绢。壬辰日，任命卫文昇为遂州总管。
潮州、成州等五州的獠人反叛，高州酋长冯盎骑马前往京师，请求讨伐叛獠。隋文帝命令杨素和冯盎讨论叛贼的形势，杨素感叹说：“没想到蛮夷中竟然有这样的人才！”立刻派遣冯盎征调长江、岭南的军队攻打叛獠。叛乱平定后，任命冯盎为汉阳太守。
隋文帝下诏任命杨素为云州道行军元帅，长孙晟为受降使者，率领启民可汗向北攻打步迦可汗。
到了公元602年，突厥思力俟斤等人向南渡过黄河，劫掠启民可汗的部众六千人口、各种牲畜二十多万头后离去。杨素率领各路军队追击，转战六十多里，大败突厥军，突厥人向北逃窜。杨素继续进军追击，到了夜晚，追上突厥军，又担心他们逃跑，于是命令骑兵稍微落后，亲自带领两名骑兵和两名归降的突厥人，与突厥军并排行进，突厥人没有察觉；等到突厥军扎营还没稳定下来时，杨素催促后面的骑兵突然袭击，大败突厥军，将劫掠的人畜全部夺回，将他们归还给启民可汗。从此突厥人远远逃走，沙漠以南不再有侵扰掠夺的事情发生。杨素凭借功劳，其子杨玄感被晋升为柱国，杨玄纵被赐予淮南公的爵位。
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兵部尚书柳述，是柳庆的孙子，娶了兰陵公主，依仗宠信，意气用事，连杨素等人都要屈居于他之下。隋文帝问符玺直长、万年人韦云起：“外面有不方便的事情，可以说出来。”当时柳述就在身边侍奉，韦云起上奏说：“柳述骄横豪放，从未经历过世事，军事机要这样的重要职务，不是他所能胜任的。只因为他是公主的丈夫，就占据重要职位。我担心众人议论陛下‘任官不选择贤才，专门偏爱自己亲近的人’，这也是很大的不方便。”隋文帝非常赞同他的话，回头对柳述说：“韦云起的话，是你的良药，你可以把他当作老师和朋友。”秋季，七月丙戌日，隋文帝下诏：命令朝廷内外的官员各自举荐自己了解的人才。柳述举荐了韦云起，朝廷任命他为通事舍人。