庚辰日，太宗抵达泾州；丙戌日，越过陇山，到达西瓦亭，视察马群。九月，太宗抵达灵州，敕勒各部俟斤派遣的使者相继到达灵州的有几千人，他们都说：“希望得到天子陛下作为我们的天可汗，让我们的子子孙孙永远做天子陛下的臣民，我们就死而无憾了。”甲辰日，太宗亲自作诗记述这件事，序言写道：“雪耻酬百王，除凶报千古。”公卿大臣请求在灵州刻石立碑；太宗采纳了他们的建议。
特进同中书门下三品宋公萧瑀，性情孤傲耿直，与同僚大多不和，曾对太宗说：“房玄龄与中书门下的大臣们结党营私，不忠于陛下，执掌大权相互勾结。陛下不详细了解，他们只是还没有谋反罢了。”太宗说：“你的话未免太过分了！君主选拔贤才作为辅佐，应当推心置腹信任他们。人不可能完美无缺，必须舍弃他们的短处，取用他们的长处。我虽然不算聪明，也不至于糊涂到分不清善恶好坏，竟然到这种地步！”萧瑀内心感到不安，又多次违背太宗的旨意，太宗也对他心怀不满，但因为他大多时候忠心正直，不忍心废弃他。
太宗曾对萧瑀说：“你既然信奉佛教，为什么不出家？”萧瑀于是请求出家。太宗说：“我也知道你一向喜好佛教，现在不违背你的意愿。”不久后萧瑀又进言说：“我刚才思考了一下，不能出家。”太宗认为萧瑀在群臣面前说话反复无常，因此心里格外不满；恰逢萧瑀声称脚痛不上朝，有时到了朝堂却不进见。太宗知道萧瑀始终心怀不满，冬季十月，亲自下诏列举他的罪状说：“我对佛教并不推崇。追求佛教教义的人没有在将来得到福报，修习佛教的人反而在过去遭受祸患。至于梁武帝潜心佛教，简文帝一心向佛，耗尽国库财物供养僧人，耗费人力修建佛塔寺庙。等到三淮地区战乱四起，五岭一带烽烟不断，他们只能在逃亡中苟延残喘，子孙后代灭亡都来不及，国家瞬间变成废墟，佛教所说的因果报应，多么荒谬啊！萧瑀重蹈覆辙，沿袭亡国的遗风；舍弃公义追求私利，不能明辨显达与隐退的界限；身处俗世却口谈佛道，无法分辨邪恶与正直的本心。积累几代人的灾祸根源，祈求自身的福报，对上违背君主，对下煽动浮华风气。自己请求出家，不久又反悔。一会儿肯定一会儿否定，就在瞬息之间；自我肯定自我否定，发生在朝堂之上。违背了栋梁之臣的体统，怎么能有被众人敬仰的器量呢！我隐忍至今，萧瑀却毫无悔改之意。可任命他为商州刺史，免去他的封爵。”太宗从高丽返回后，盖苏文更加骄横放纵，虽然派遣使者上表，但言辞大多荒诞不经；又对唐朝使者傲慢无礼，常常窥伺边境寻找入侵的机会。太宗多次下令让他不要进攻新罗，但他仍然侵略不止。壬申日，太宗下诏不再接受高丽的朝贡，重新商议讨伐高丽的事宜。
小主，
丙戌日，车驾返回京城。
冬季十月己丑日，太宗因为前往灵州往返途中，冒着严寒疲惫不堪，想要在年底前专心调养身体。十一月己丑日，下诏祭祀、奏章疏表、外国宾客、兵马调动、宫廷宿卫，以及调兵符契、驿站派遣、任命五品以上官员及免职、判决死罪等事务，都要上报太宗，其余事务全部由皇太子处理。
十二月己丑日，群臣多次请求太宗举行封禅大典；太宗采纳了他们的建议。下诏制造仪仗卫队送往洛阳宫，为封禅做准备。
戊寅日，回纥俟利发吐迷度、仆骨俟利发歌滥拔延、多滥葛俟斤末、拔野古俟利发屈利失、同罗俟利发时健啜、思结酋长乌碎以及浑、斛薛、奚结、阿跌、契苾、白霫等部落的酋长都前来朝见。庚辰日，太宗在芳兰殿设宴款待他们，命令有关部门厚加供给，每五天举行一次宴会。
癸未日，太宗对长孙无忌等人说：“今天是我的生日，世俗之人都以此为乐，我却反而感到伤感。现在我统治天下，拥有四海之富，却再也不能在父母膝下尽孝承欢，这就是子路之所以有‘负米之恨’的原因啊。《诗经》说：‘哀哀父母，生我劬劳。’怎么能在父母辛劳生下我的日子里举办宴会寻欢作乐呢！”说着流下几行眼泪，身边的人都感到悲伤。
房玄龄曾因为轻微的过失被罢官回家，褚遂良上奏疏，认为：“房玄龄从陛下起兵之初就辅佐陛下成就大业，武德末年冒死参与决策，贞观初年选拔贤才制定政策，大臣中勤劳的程度，房玄龄最为突出。如果不是犯下不可赦免的大罪，被士大夫们共同指责，就不应该疏远抛弃他。陛下如果认为他年老体衰，也应当委婉劝说让他退休，以礼相待让他退职；不可以因为小小的过失，就抛弃跟随陛下几十年的元勋老臣。”太宗立即召见房玄龄，让他官复原职。不久后，房玄龄又辞职回家。过了很久，太宗前往芙蓉园，房玄龄命令子弟打扫门庭，说：“皇上的车驾将要来了！”过了一会儿，太宗果然亲临他的府第，于是用车载着房玄龄返回宫中。
贞观二十一年，公元647年春季正月，开府仪同三司申文献公高士廉病重；辛卯日，太宗亲临他的府第，流泪与他诀别；壬辰日，高士廉去世。太宗准备前往吊唁，房玄龄因太宗病情刚痊愈，坚决劝谏阻止，太宗说：“高公不只是君臣关系，更是旧友姻亲，怎能听到他的死讯而不去吊唁呢？你不必再说！”率领侍从从兴安门出发。长孙无忌正在高士廉的灵堂，听说太宗将要到来，便停止哭泣，在马前迎接劝谏道：“陛下服用金石丹药，按照医嘱不能亲临丧事，为何不为宗庙社稷和百姓保重自己！况且我舅舅临终前留下遗言，极力不愿因为自己的丧事，劳烦陛下屈驾前来。”太宗不听。长孙无忌中途跪伏在地，流泪坚决劝谏，太宗才返回东苑，向南眺望灵堂痛哭，泪水如雨。等到灵柩经过横桥时，太宗登上长安故城西北楼，望着灵柩恸哭不止。
丙申日，太宗下诏将回纥部改为瀚海府，仆骨部改为金微府，多滥葛部改为燕然府，拔野古部改为幽陵府，同罗部改为龟林府，思结部改为卢山府，浑部改为皋兰州，斛薛部改为高阙州，奚结部改为鸡鹿州，阿跌部改为鸡田州，契苾部改为榆溪州，思结别部改为蹛林州，白霫部改为置颜州；分别任命各部落的酋长为都督、刺史，各自赏赐金银绢帛和锦袍。敕勒各部大喜，手捧赏赐物品欢呼拜舞，在尘土中尽情欢腾。等到他们返回时，太宗亲临天成殿设宴，设置十部乐送别。各酋长上奏说：“我们既然成为唐朝百姓，往来天子所在之地，就像拜见父母，请在回纥以南、突厥以北开辟一条通道，名为参天可汗道，设置六十八个驿站，每个驿站配备马匹和酒肉供给过往使者，每年进贡貂皮作为租赋，还请求派遣有文采的人，帮助我们撰写奏章疏表。”太宗全部应允。于是北方荒漠地区全部平定，但回纥首领吐迷度已经私自自称可汗，官号都效仿突厥旧制。
丁酉日，太宗下诏定于明年仲春在泰山举行封禅大典，在社首山举行禅礼；其余事项都按照贞观十五年的商议执行。
二月丁丑日，太子在国学举行释奠礼（祭祀先圣先师的礼仪）。太宗准备再次讨伐高丽，朝廷商议认为：“高丽依山筑城，不能迅速攻克。上次陛下亲征，高丽百姓无法耕种，所攻克的城池，粮食全部被收缴，接着又遭遇旱灾，百姓大半缺少粮食。如今如果多次派遣偏师，交替骚扰他们的边境，让他们疲于奔命，放弃农耕躲入堡垒，几年之内，千里之地变得萧条，人心自然离散，鸭绿江以北地区，就能不战而取。”太宗采纳了这个建议。三月，任命左武卫大将军牛进达为青丘道行军大总管，右武候将军李海岸为副总管，征发一万多名士兵，乘坐楼船从莱州渡海进军。又任命太子詹事李世积为辽东道行军大总管，右武卫将军孙贰朗等为副总管，率领三千名士兵，会同营州都督府的军队从新城道进军。两支军队都挑选熟悉水战、善于作战的士兵配备。
小主，
辛卯日，太宗说：“我之所以能取得古人不能取得的成就，臣服古人不能臣服的部族，都是因为顺应了众人的意愿。从前大禹率领九州百姓，开山伐木，疏导百川注入大海，劳苦至极，而百姓没有怨言，是因为顺应了民心，遵循了地势，与百姓共享利益的缘故。”
当月，太宗患上风疾，苦于京城盛夏炎热，夏季四月乙丑日，下令修缮终南山太和废宫，改名为翠微宫。
丙寅日，设置燕然都护府，统辖瀚海等六个都督府、皋兰等七个州，任命扬州都督府司马李素立为都护。李素立用恩德信义安抚各部族，夷人部落心怀感激，共同率领牛马前来进献；李素立只接受了一杯酒，其余的全部退还。
五月戊子日，太宗前往翠微宫。冀州进士张昌龄献上《翠微宫颂》，太宗喜爱他的文采，下令让他在通事舍人署中任职。
起初，张昌龄与进士王公治都擅长写文章，在京城名声大振，考功员外郎王师旦主持科举考试时，将他们黜落，满朝大臣都不知道其中的缘故。等到上奏录取名单时，太宗奇怪没有这两个人的名字，询问王师旦。王师旦回答说：“这两个人虽然文辞华丽，但文风轻薄，终究成不了大器。如果把他们列为高等，恐怕后辈会效仿，损害陛下倡导的雅正之道。”太宗认为他说得对。