十二月戊申日，下诏因正讨伐高丽、百济，河北百姓苦于征役，停止封禅泰山和前往东都的计划。

风海道总管苏海政奉命讨伐龟兹，朝廷敕令兴昔亡、继往绝二可汗发兵协同作战。抵达兴昔亡可汗领地时，继往绝素来与兴昔亡有怨恨，秘密对苏海政说：“阿史那弥射（兴昔亡可汗）谋反，请诛杀他。”当时苏海政兵力仅有数千，召集军吏商议：“如果弥射谋反，我们都会死无葬身之地，不如先下手杀了他。”于是假传圣旨，让大总管携带数万段丝帛赏赐可汗及各酋长，兴昔亡率领部下前来受赏时，苏海政将他们全部逮捕斩首。鼠尼施、拔塞干两部逃走，苏海政与继往绝追击，平定了这两部。军队返回途中，到疏勒以南时，弓月部又带领吐蕃兵前来，想与唐军交战；苏海政因军队疲惫不敢迎战，用军用物资贿赂吐蕃，结盟后返回。从此西突厥各部落都认为兴昔亡可汗冤枉，各自产生离心。继往绝不久去世，十姓部落失去首领，阿史那都支及李遮匐收拢残余部众归附吐蕃。

这一年，西突厥侵犯庭州，刺史来济领兵抵御，对部下说：“我早就该死了，有幸承蒙保全到今日，应当以身报国！”于是不解铠甲，冲入敌阵战死。

龙朔三年，公元663年春季正月，左武卫将军郑仁泰讨伐铁勒反叛残余势力，全部平定。乙酉日，任命李义府为右相，仍掌管选官事务。

二月，将燕然都护府迁至回纥境内，改名为瀚海都护府；将原瀚海都护府迁至云中古城，改名为云中都护府。以沙漠为界，沙漠以北的州府都隶属于瀚海都护府，沙漠以南的隶属于云中都护府。

三月，许圉师再次被贬为虔州刺史，杨德裔因结党徇私流放庭州，许圉师的儿子许文思、许自然都被免官。

右相河间郡公李义府掌管选官事务，依仗武后势力，专以卖官鬻爵为业，选官毫无章法，民怨沸腾，皇帝也有所耳闻，从容对李义府说：“你的儿子和女婿很不谨慎，常做非法之事。我还为你遮掩，你应当严加管教！”李义府勃然变色，脖颈、脸颊涨得通红，说：“谁告诉陛下的？”皇帝说：“只我说情况如此，何必追问我消息来源！”李义府毫无悔意，缓步离去。皇帝从此对他不满。

望气者杜元纪说李义府的住宅有监狱之气，应积聚二十万缗钱来镇压，李义府深信不疑，搜刮钱财更加急切。李义府为母亲守丧期间，初一、十五朝廷给哭丧假期，他总是穿便服与杜元纪出城向东，登上古坟观望气色，有人告发李义府窥探灾异，暗中有异谋。又有人告发他的儿子右司议郎李津召见长孙无忌的孙子长孙延，收受七百缗钱，任命长孙延为司津监，右金吾仓曹参军杨行颖告发了此事。夏季四月乙丑日，将李义府下狱，派司刑太常伯刘祥道与御史、详刑官员共同审讯，又命司空李积监督。经查证事情属实。戊子日，下诏将李义府削除官籍，流放巂州；李津削除官籍，流放振州；诸子及女婿都被削籍，流放庭州。朝野上下无不称庆。

有人撰写《河间道行军元帅刘祥道破铜山大贼李义府露布》，张贴在交通要道。李义府掠夺了很多奴婢，败落后奴婢各自逃回自家，所以露布中说：“混杂奴婢而随意释放，各自认出家门争相涌入。”乙未日，在新罗国设置鸡林大都督府，任命金法敏为大都督。

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丙午日，蓬莱宫含元殿建成，皇帝开始迁移仪仗居住，将原来的宫殿改名为西内。戊申日，皇帝首次亲临紫宸殿处理朝政。

五月壬午日，柳州蛮酋长吴君解反叛；朝廷派冀州长史刘伯英、右武卫将军冯士翙征发岭南兵讨伐。

吐蕃与吐谷浑互相攻打，各自派使者上表争论是非，轮番前来请求援军；皇帝都不允许。

吐谷浑大臣素和贵有罪，逃奔吐蕃，详细告知吐谷浑的虚实，吐蕃发兵进攻吐谷浑，大破敌军，吐谷浑可汗曷钵与弘化公主率领数千帐弃国逃往凉州，请求迁徙到内地。皇帝任命凉州都督郑仁泰为青海道行军大总管，率领右武卫将军独狐卿云、辛文陵等分别屯驻凉、鄯二州，防备吐蕃。六月戊申日，又任命左武卫大将军苏定方为安集大使，调度各路军队，支援吐谷浑。

吐蕃禄东赞屯兵青海，派使者论仲琮入朝觐见，上表陈述吐谷浑的罪行，并且请求和亲。皇帝不允许，派左卫郎将刘文祥出使吐蕃，颁发玺书斥责禄东赞。

秋季八月戊申日，皇帝因海东地区连年用兵，百姓苦于征调，士兵战死、溺死者众多，下诏停止三十六州的造船工程，派司元太常伯窦德玄等分别前往十道，慰问百姓疾苦，考核升降官吏。窦德玄是窦毅的曾孙。

九月戊午日，熊津道行军总管、右威卫将军孙仁师等在白江击败百济残余势力及倭国军队，攻克周留城。

起初，刘仁愿、刘仁轨攻克真岘城后，朝廷下诏孙仁师领兵渡海增援。百济王丰向南勾结倭国军队抵御唐军。孙仁师与刘仁愿、刘仁轨合兵后，声势大振。诸将认为加林城是水陆要冲，想先攻打它，刘仁轨说：“加林城险要坚固，急攻会伤亡士兵，缓攻则拖延时日。周留城是敌军巢穴，群凶聚集之地，除恶务必除根，应当先攻打周留城，若攻克周留，其他城池自然会投降。”于是孙仁师、刘仁愿与新罗王金法敏率领陆军进军，刘仁轨与别将杜爽、抚馀隆率领水军及粮船从熊津驶入白江，与陆军会合，一同赶赴周留城。在白江口遭遇倭国军队，四战四捷，烧毁倭国船只四百艘，烟火冲天，海水都被染成红色。百济王丰脱身逃往高丽，王子忠胜、忠志等率领部众投降，百济全部平定，只有别帅迟受信据守任存城，未能攻克。

起初，百济西部人黑齿常之，身高七尺多，骁勇有谋略，在百济担任达率兼郡将，相当于唐朝的刺史。苏定方攻克百济时，黑齿常之率领部下随众人投降。苏定方囚禁百济王及太子，放纵士兵劫掠，青壮年多被杀死。黑齿常之恐惧，与亲信十余人逃回本部，收集逃亡离散的部众，据守任存山，构筑营栅自卫，一个月内归附者达三万余人。苏定方派兵攻打，黑齿常之奋力抵抗，唐军失利；黑齿常之又攻取二百余座城池，苏定方无法攻克，只得撤军。黑齿常之与别部将沙吒相如各自据守险要之地响应福信，百济战败后，两人都率领部众投降。刘仁轨派黑齿常之、沙吒相如亲自率领部下攻取任存城，并供给粮草武器支援。孙仁师说：“这些人野兽心肠，怎能相信！”刘仁轨说：“我观察两人都忠勇有谋，重信重义；只是从前所托非人，如今正是他们感激效力之时，不必怀疑。”于是供给他们粮草武器，分兵跟随，攻克任存城，迟受信抛弃妻子儿女，逃往高丽。