吴汉调集了广汉、巴、蜀三个郡的军队，把成都包围了一百多天。到了秋天七月，终于把成都打下来了，杀掉了带头闹事的史歆等人。吴汉又乘船顺着长江往下走，杨伟这些人吓得赶紧把队伍解散了。最后，吴汉就把他们的头领都杀了，还把几百户跟着作乱的人家，迁到了南郡和长沙，之后就带兵回去了。
这年冬天十月，刘秀去了宜城溜达，回来的时候，又去祭祀了章陵。到了十二月，刘秀才回到皇宫里。
就在这一年，朝廷把州牧这个官职给取消了，改成设立刺史。
就在这时，五宫中郎将线纯和太仆朱浮向刘秀提议说：“按照老祖宗定的规矩，做儿子的，应该以宗族正统为主，不能太看重自己小家的亲人。所以应该把现在的四座祭祀皇帝自家亲人的宗庙撤掉，换成祭祀先帝的四座宗庙。”大司徒涉这些人也上奏，说要建立祭祀元帝、成帝、哀帝、平帝的四座宗庙。刘秀觉得，要是按照宗族辈分排列的话，自己应该算是元帝的后代。
公元43年的春天正月，朝廷就下诏追尊宣帝为中宗。随后就开始在太庙祭祀昭帝、元帝，在长安祭祀成帝、哀帝、平帝，在章陵祭祀舂陵节侯以下的人；长安、章陵的祭祀，由太守、令、长侍奉。
马援在经过了一番艰苦战斗后，最终斩杀了征侧和征贰姐妹，平定了叛乱。
就在马援刚平定征侧姐妹的叛乱后，单臣、傅镇等人，又带着一帮搞邪门歪道的人造反了，他们占领了原武城，还自称是将军。刘秀就派太中大夫臧宫带兵把原武城围起来攻打。可是打了好多次都没打下来，还死了伤了不少士兵。面对这种情况，刘秀就把大臣和诸侯王们召集起来，让大家商量平叛的好办法，很多人都说应该多给点悬赏，鼓励士兵卖命。但东海王刘阳却说：“这些搞邪门歪道的人聚在一起，就是互相挟持，肯定长久不了。他们里面肯定有人后悔了，想要逃跑，只是咱们围得太紧，他们跑不出去罢了。不如把包围圈放开一点，等他们想跑的时候，我们只要派一个小官就能把他们抓住。”刘秀觉得有道理，就让臧宫撤围。这一松劲儿，造反的人立马作鸟兽散。到了夏天四月，汉军就顺利地攻下了原武城，把单臣、傅镇这些人都杀了。
随后，马援就去攻打征侧的残余势力都阳等人，一路打到居风，都阳他们就投降了，岭南地区这才被彻底平定下来。叛乱平定以后，马援就和当地的越人重新明确了以前的规章制度，用约束大家的行为，从这以后，骆越地区的人都照着马援定的规矩办事。
郭皇后自从被废以后，太子刘强的心里就特别不踏实。郅恽就劝他说：“你要是一直待在太子这个位置上，对上不符合孝道，对下还容易给自己招来危险，还不如主动辞去太子之位，好好照顾母亲。”刘强听了他的话，就多次通过身边的人和诸侯王向刘秀表达，自己不想当太子，想做藩王的想法。刘秀舍不得，就犹豫了好几年。到了六月，刘秀就下诏书说：“按照《春秋》里的规矩，立太子要立身份尊贵的。东海王刘阳是现任皇后的儿子，应该当太子。皇太子刘强一直很谦虚，现在坚持要做藩王，我们父子为这事僵持太久了。现在就封刘强当东海王，立刘阳为皇太子，刘阳改名叫刘庄。”
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针对此事，袁宏就评价说：立太子，本来是为了重视家族的传承，让大家心往一处想。除非太子干了特别恶劣的坏事，不然不该随便更换。光武帝复兴汉朝，本应该按正道来，给后代做个好榜样。可现在太子也没犯啥大错，就因为皇帝宠爱的人多，就把嫡出的太子换了，这确实做得不对。不过呢，东海王（原太子）去做藩王之后，行为变得更加谦逊有礼；汉明帝（新太子）当了皇帝后，和兄弟们的感情也很好。虽然兄弟俩身份变了，一个被废一个被立，但他们父子兄弟之间的真情没受影响。这么看来，就算用夏、商、周三代的标准来衡量，好像也没什么过分的！
随后，刘秀就让太子的舅舅阴识做执金吾，阴兴做卫尉，让他们专门负责教导太子。阴识这人特别实在，在朝堂上说话直来直去的，但跟朋友聊天的时候，却绝口不提朝廷的事儿。因此，刘秀就特别敬重他，还经常拿他当例子，告诫那些皇亲国戚，让身边的人向他学习。而阴兴呢，特别喜欢结交贤才、乐于帮助别人，但他的门客里没有那种不务正业的人。他和同郡的张宗、上谷的鲜于裒关系不太好，但知道他们有本事，所以还是会夸赞他们的优点，推荐他们做官；他的朋友张汜、杜禽和他关系不错，可阴兴觉得他俩华而不实，就私下给他们些钱财，始终没帮他们向朝廷说好话。大家就都觉得阴兴特别忠诚。刘秀还任命沛国的桓荣做议郎，专门教太子读书。有一回，刘秀亲自去太学溜达，让博士们在跟前辩论，桓荣在讲解经书道理的时候，总是用谦让的态度让人信服，从不靠嘴皮子争输赢，其他读书人都比不上他，刘秀就额外赏赐了他。后来刘秀又让学生们唱雅乐、击石磬，热热闹闹地玩了一整天。刘秀还派左中郎将汝南的钟兴教皇太子和皇室的诸侯们学《春秋》，要封钟兴做关内侯。可是钟兴觉得自己没啥功劳，就不想接受，刘秀就说：“你教太子和诸侯们读书，这不算大功吗？”钟兴说：“我的本事都是跟少府丁恭学的。”刘秀听完就又要封丁恭，可钟兴还是坚决不肯接受封赏。
陈留人董宣当上了雒阳县令后。就遇到湖阳公主的奴仆大白天杀了人的事，可是这个奴仆躲在公主府里，官府的人抓不到他。有一次公主出门，就带着这个奴仆一起坐车。而董宣就在夏门亭等着，拦住了公主的车马，还用刀在地上划着，并大声数落公主的不是，随后就喝令奴仆下车，当场就把他杀了。面对此种行为，公主就马上回宫向刘秀告状，这可把刘秀气得不行，于是就把董宣叫来，说要拿棍子打死他。董宣磕头说：“请让我说句话再死。”刘秀就问：“你想说啥？”董宣说：“陛下您这么圣明，复兴了汉朝，却纵容奴仆杀人，以后还怎么治理天下？现在不用您动手，我自己就去死！”说完就拿头撞柱子，结果撞的满脸是血。看他这么较真，刘秀就赶忙让小太监拉住他，让董宣给公主磕头赔罪，但董宣就是不磕。太监就硬按着他的头，董宣双手撑在地上，死活就是不肯低头。公主对刘秀说：“你以前做平民的时候，还敢私藏逃犯，官府的人都不敢上门找麻烦；现在做了皇帝，却连一个小小县令都管不住吗？”刘秀笑着说：“当皇帝和当老百姓可不一样。”然后就说：“你这个硬脖子县令，赶紧退下吧。”随后还赏了董宣三十万钱，结果董宣转手就把钱全分给手下的官吏了。从这以后，董宣就开始专门整治那些横行霸道的权贵，导致整个京城的人都很怕他。
本年九月，刘秀动身前往南阳溜达。到了南阳之后，又去了汝南南顿县的官府驻地，还在那儿摆下酒宴，赏赐当地的官员和百姓，还下令免去南顿县一年的田租。当地的父老乡亲们都上前磕头，并对刘秀说：“您父亲在这儿住了好长时间，陛下您对这里的房子、环境都很熟悉，每次来都给我们这么多好处。我们都盼着您能把田租免十年！”刘秀却回答说：“治理天下责任重大，我每天都担心自己干不好，只能一天天地努力，哪敢说免十年这么久啊！”官员和百姓又说：“陛下您其实就是舍不得，何必这么谦虚呢！”刘秀听了哈哈大笑，最后又多免了一年田租。之后，刘秀又前往淮阳、梁、沛这些地方视察情况。
就在这时，西南地区的少数民族栋蚕又发动了叛乱，还把当地的长官都杀了。面对这种顽固分子，刘秀就下令让武威将军刘尚带兵去平叛。刘尚的军队路过越巂时，邛谷王任贵心里就犯嘀咕，他担心刘尚把南边叛乱平定后，会严格执行法令，到时候自己就不能再随心所欲了。于是，任贵就集结军队，修筑营地，还酿造了很多毒酒，打算先假装犒劳刘尚的军队，然后趁机发动袭击。结果刘尚识破了他的诡计，马上分兵先占领了邛都，接着就突然出兵攻打任贵，把他给杀了。
公元44年的春天二月，刘秀在溜达了一圈后才返回宫中。
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夏天四月，大司徒戴涉因为涉及前太仓令奚涉的罪行，被下狱处死。刘秀觉得三公职位相连，就下诏免去了大司空窦融的职务。
广平忠侯吴汉病重时，刘秀就亲自去探望，询问他有什么遗言。吴汉说：“我这人愚钝，也没啥见识，只希望陛下以后别轻易赦免罪犯。”到了五月，吴汉就去世了，刘秀下令按大将军霍光的规格给他办葬礼。吴汉为人性格刚强，每次跟着刘秀出征打仗，刘秀还没安顿好，他就已经严阵以待了。其他将领看到战场失利，常常慌得不知所措，吴汉却镇定自若，不仅整修武器，还激励将士。刘秀经常派人看吴汉在干啥，听到他在整理战具，就感叹说：“吴公真是让人放心，威严得像个敌国将领一样！”他每次出兵，早上接到命令，晚上就出发，从不拖沓。在朝堂上，他言行谨慎朴实。有次吴汉出征，妻子在家买了不少田产，他回来后就责备说：“军队在外打仗，将士们供给都不够，你怎么还买这么多田宅！”然后就把田产全分给了兄弟和外戚，所以他能功成名就善终。
在这期间，匈奴侵犯上党、天水地区，还打到了扶风。此时的刘秀得了风眩病，病得很重，就让阴兴做侍中，在云台广室接受临终嘱托。后来病好了，刘秀就想让阴兴代替吴汉当大司马，阴兴却哭着磕头推辞说：“我不是惜命，只是怕损害陛下的圣德，所以不敢随便担任这个职位！”他的真诚感动了周围的人，刘秀就没再勉强。