八月，薛举派儿子薛仁果进军围攻宁州，刺史胡演率军击退了他。郝瑗对薛举说：“如今唐军刚遭战败，关中动荡不安，应当乘胜直取长安。”薛举表示赞同，却恰逢生病而停止进军。辛巳日，薛举去世，太子薛仁果继位，驻守折墌城，追谥薛举为武帝。
唐高祖想与李轨共同谋取秦、陇地区，派遣使者秘密前往凉州招抚他，还在书信中称李轨为堂弟。李轨十分高兴，派弟弟李懋入朝进贡。高祖任命李懋为大将军，命鸿胪少卿张俟德册封李轨为凉州总管，封凉王。
起初，朝廷任命安阳令吕珉为相州刺史，改任原相州刺史王德仁为岩州刺史。王德仁因此心怀怨恨，甲申日，他引诱山东大使宇文明达进入林虑山后将其杀害，叛逃归附王世充。
己丑日，高祖任命秦王李世民为元帅，率军攻打薛仁果。
丁酉日，临洮等四郡前来投降唐朝。
隋朝江都太守陈棱找到隋炀帝的灵柩，取出宇文化及留下的车驾、乐器，勉强备齐天子的仪仗护卫，将隋炀帝改葬在江都宫西的吴公台下，隋朝的王公以下官员，都依次埋葬在炀帝陵墓两侧。宇文化及从江都出发时，任命杜伏威为历阳太守；杜伏威拒不接受，仍向隋朝上表称臣，皇泰主任命杜伏威为东道大总管，封楚王。沈法兴也向皇泰主上表，自称大司马、录尚书事、天门公，秉承皇帝旨意设置百官，任命陈杲仁为司徒，孙士汉为司空，蒋元超为左仆射，殷芊为左丞，徐令言为右丞，刘子翼为选部侍郎，李百药为府掾（李百药是李德林的儿子）。
九月，隋朝襄国通守陈君宾前来投降，唐朝任命他为邢州刺史（陈君宾是陈伯山的儿子）。
虞州刺史韦义节攻打隋朝河东通守尧君素，久攻不下，军队多次失利；壬子日，朝廷任命工部尚书独孤怀恩接替他。
起初，李密杀死翟让后，变得十分骄傲自满，不体恤士兵；粮仓里粮食虽多，却没有府库储存的钱财布帛，战士立下战功，没有东西可以奖赏；他又厚待刚归附的人，引起老部下的怨恨。徐世积曾在宴会上讥讽他的短处，李密心中不快，派徐世积出镇黎阳，名义上是委以重任，实际上是疏远他。
李密打开洛口仓发放粮食，没有设置防守和管理的官员，也没有凭证，取粮的人可以随意拿取；有人离开粮仓后，力气不够运不走粮食，就把粮食丢弃在道路上，从仓城到城门，米厚达数寸，被车马碾压践踏；前来蹭粮的盗贼及其家属近百万人，没有容器，就用荆条编织筐子淘米，洛水两岸十里范围内，望去都像白沙一样。李密高兴地对贾闰甫说：“这可以说是粮食充足了！”贾闰甫回答：“国家以百姓为本，百姓以粮食为天。如今百姓扶老携幼像流水一样前来，是因为这里有他们赖以生存的粮食。但主管官员却毫不爱惜，如此浪费！我担心一旦粮食耗尽，百姓离散，您还能和谁一起成就大业呢？”李密向他道歉，立即任命贾闰甫为判司仓参军事。
李密认为东都隋军屡次战败，兵力薄弱，而且将相自相残杀，觉得很快就能平定东都。王世充独掌大权后，厚赏将士，修缮器械，也在暗中谋划夺取李密的地盘。当时隋军缺乏粮食，而李密的军队缺少衣物，王世充请求互通贸易，李密犹豫不决；长史邴元真等人各自谋求私利，劝说李密答应。此前，每天有数百东都人归附李密；交换到粮食后，前来投降的人越来越少，李密后悔不已，停止了贸易。
李密打败宇文化及后返回，麾下的精锐士兵和优良战马大多战死，士兵疲惫多病。王世充想乘其不备发动进攻，又担心人心不齐，于是谎称左军卫士张永通三次梦见周公，周公下令让他向王世充传达旨意，要他领兵协助讨伐盗贼。王世充为此建立周公庙，每次出兵前都先祈祷。他又让巫师宣称周公命令仆射迅速讨伐李密，必定能立下大功，否则军队都会染上瘟疫而死。王世充的士兵大多是楚地人，迷信妖言，纷纷请求出战。王世充挑选精锐士兵两万余人，战马两千多匹，壬子日，出兵攻打李密，旗帜上都写着“永通”二字，军容十分盛大。癸丑日，军队抵达偃师，在通济渠南岸扎营，在渠上修建了三座桥梁。李密留下王伯当守卫金墉城，亲自率领精兵前往偃师以北，凭借邙山列阵等待王世充。
李密召集众将商议对策，裴仁基说：“王世充率领全部兵力前来，东都必然空虚，可以分兵把守重要路口，阻止他向东进军，再挑选三万精兵，沿黄河向西逼近东都。王世充回师救援，我们就按兵不动；他再次出兵，我们就再次逼近。这样一来，我们精力充沛，他却疲于奔命，一定能打败他。”李密说：“您说得很好。如今东都的军队有三个不可抵挡的优势：武器精良，一；决心深入我方腹地，二；粮食耗尽急于作战，三。我们只需据城固守，积蓄力量等待时机；他们想战不能战，想退无路可退，不出十天，王世充的人头就能送到您的麾下。”陈智略、樊文超、单雄信都说：“估计王世充的士兵很少，又屡次遭受挫败，已经吓破了胆。《兵法》说‘兵力加倍就主动出战’，何况我们的兵力远超他呢！而且江淮地区刚归附的士兵，希望借此机会立下功劳；趁着他们士气正盛加以利用，一定能成功。”于是众将纷纷附和，愿意出战的占了十分之七八，李密被众人的议论迷惑，最终采纳了出战的意见。裴仁基苦苦争辩却没有效果，捶地叹息道：“您以后一定会后悔的！”魏征对长史郑颋说：“魏公虽然屡次获胜，但猛将精锐大多战死，士兵士气低落，这两点很难对抗敌人。而且王世充缺乏粮食，一心想要死战，难以和他争夺胜负，不如深挖壕沟、高筑营垒来抵御他，不出一个月，王世充粮食耗尽，必然会自行撤退，到时候再追击他，没有不胜的道理。”郑颋说：“这不过是老生常谈罢了。”魏征说：“这是奇策，怎么能说是老生常谈！”说完拂袖而去。
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程知节率领内马军与李密一同在北邙山上扎营，单雄信率领外马军在偃师城北扎营。王世充派遣数百名骑兵渡过通济渠攻打单雄信的营地，李密派裴行俨和程知节前去救援。裴行俨率先冲向敌人，中了流箭，摔倒在地；程知节上前营救，杀死数人，王世充的军队溃散，程知节抱起裴行俨，两人同骑一匹马返回；途中被王世充的骑兵追赶，长矛刺穿了程知节的身体，程知节回身折断长矛，还斩杀了追兵，与裴行俨一同脱险。恰逢天色已晚，双方各自收兵回营。李密的猛将孙长乐等十余人都受了重伤。
李密刚刚打败宇文化及，轻视王世充，没有修筑营垒。王世充连夜派遣两百多名骑兵潜入北山，埋伏在溪谷中，命令士兵们喂饱战马、吃饱饭。甲寅日清晨，即将开战，王世充向士兵们宣誓：“今天的战斗，不只是争夺胜负；生死之分，就在这一战。如果获胜，富贵自然不在话下；如果失败，必定没有一人能幸免。我们争夺的是生死，不只是为了国家，大家都要努力！”黎明时分，王世充率领军队逼近李密。李密出兵迎战，还没来得及摆好阵势，王世充就下令全军发起进攻。王世充的士兵都是江淮地区的剽悍勇士，进退如飞。王世充事先找到一个相貌酷似李密的人，将他捆绑起来藏好。战斗正激烈时，派人把他押到阵前，大喊道：“已经活捉李密了！”士兵们都欢呼万岁。埋伏的军队趁机发动进攻，从高处冲下，直奔李密的营地，放火焚烧营帐。李密的军队大败溃散，将领张童仁、陈智略都投降了王世充，李密率领一万余人逃往洛口。
王世充连夜围攻偃师；郑颋守卫偃师，他的部下打开城门迎接王世充。起初，王世充的家属在江都，跟随宇文化及到了滑台，又跟随王轨归附李密，李密将他们留在偃师，想用来招降王世充。偃师被攻破后，王世充找回了兄长王世伟、儿子王玄应、王虔恕、王琼等人，还抓获了李密的将领裴仁基、郑颋、祖君彦等数十人。王世充于是整顿军队前往洛口，抓获了邴元真的妻子儿女、郑虔象的母亲以及李密众将的子弟，都加以安抚，让他们暗中召唤自己的父兄。
起初，邴元真担任县吏时，因贪污受贿逃亡，投奔瓦冈的翟让；翟让因为他曾经做过官吏，便让他掌管文书。李密开设幕府后，精心挑选当时的贤才，翟让推荐邴元真担任长史；李密迫不得已任用了他，但行军谋划之事，却是从未让他参与。李密向西抵御王世充时，留下邴元真守卫洛口仓。邴元真生性贪婪卑鄙，宇文温对李密说：“不杀邴元真，他一定会成为您的祸患。”李密没有回应。邴元真得知后，暗中谋划背叛李密；杨庆听说了这件事，向李密告密，李密本来就怀疑邴元真。到这时，李密即将进入洛口城，邴元真已经派人暗中引来王世充的军队。李密知道后没有声张，反而与众人商议，等王世充的军队一半渡过洛水后，再发起进攻。王世充的军队抵达后，李密的侦察骑兵没有及时发现，等到准备出战时，王世充的军队已经全部渡过洛水。单雄信等人又率领军队自保；李密估计无法支撑，率领麾下轻骑兵逃往虎牢，邴元真于是献城投降。
起初，单雄信勇猛敏捷，擅长使用马槊，在各军中名声最盛，军中号称“飞将”。房彦藻认为单雄信轻易改换门庭，就劝说李密除掉他；李密爱惜他的才能，不忍心下手。李密失利后，单雄信率领部下投降了王世充。
李密想去黎阳投奔徐世积，有人说：“当初杀死翟让时，徐世积差点丧命，如今您失利后去投奔他，怎么能保证安全呢！”当时王伯当放弃金墉城退守河阳，李密从虎牢前往河阳投奔他，召集众将共同商议。李密想向南凭借黄河天险，向北坚守太行山，向东联合黎阳，以谋求进一步发展。众将都说：“如今军队刚遭失利，大家心怀恐惧，如果再停留下去，恐怕用不了多久就会全部叛逃。而且人心不愿，很难成功。”李密说：“我所依靠的就是众人，众人既然不愿意，我也就走投无路了。”想要自刎来向众人谢罪。王伯当抱住李密痛哭失声，众人也都悲伤哭泣，李密又说：“有幸各位不抛弃我，我们应当一同前往关中归附唐朝；我虽然没有功劳，但各位一定能保住富贵。”府掾柳燮说：“明公与唐公是同族，又有过去的交情；虽然没有参与起兵，但您牵制了东都的隋军，截断了隋朝的退路，让唐公不战而占据长安，这也是您的功劳。”众人都表示赞同。李密又对王伯当说：“将军的家属人口众多，怎么能再和我一起前行呢！”王伯当说：“当初萧何率领全部子弟跟随汉王，我遗憾不能让兄弟都来跟随您，怎么会因为您今天失利就轻易离开呢！即使战死沙场，我也心甘情愿！”身边的人无不感动，跟随李密进入关中的共有两万人。于是李密的将帅、管辖的州县大多投降了隋朝。朱粲也派遣使者投降隋朝，皇泰主任命朱粲为楚王。
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甲寅日，秦州总管窦轨攻打薛仁果，失利；骠骑将军刘感镇守泾州，薛仁果围攻泾州。城中粮食耗尽，刘感杀死自己乘坐的战马，把肉分给将士们，自己却一点都没吃，只煮马骨取汁，混合木屑食用。城池多次濒临陷落，恰逢长平王李叔良率领军队抵达泾州，薛仁果于是扬言粮食耗尽，率领军队向南撤退；乙卯日，又派遣高墌人假装献城投降。李叔良派刘感率领军队前往高墌，己未日，抵达城下，刘感向城中呼喊：“贼军已经逃走，可以打开城门进城了。”刘感下令焚烧城门，城上的人却往下浇水灭火。刘感知道有诈，派步兵先返回，自己率领精锐部队断后。不久，城上点燃了三堆烽火，薛仁果的军队从南原大举杀来，双方在百里细川交战，唐军大败，刘感被薛仁果擒获。薛仁果再次围攻泾州，命令刘感向城中喊话：“援军已经战败，不如早点投降。”刘感答应了，到了城下，却大声呼喊：“逆贼饥饿不堪，很快就要灭亡了，秦王率领数十万大军，从四面赶来，城中的人不要担心，努力坚守！”薛仁果大怒，抓住刘感，在城旁把他埋到膝盖处，骑马射箭射杀他；刘感直到死去，声音和神色都更加壮烈。李叔良环城固守，仅能保全自身。刘感是刘丰生的孙子。
庚申日，陇州刺史陕县人常达在宜禄川攻打薛仁果，斩首一千多级。
高祖派遣侄子襄武公李琛、太常卿郑元璹带着女妓送给始毕可汗。壬戌日，始毕可汗再次派遣骨咄禄特勒前来唐朝。
癸亥日，白马道士傅仁均编成《戊寅历》，上奏朝廷，朝廷下令推行该历法。
薛仁果多次攻打常达，没能攻克，于是派部将仵士政率领数百人假装投降，常达对他们厚加安抚。乙丑日，仵士政趁机率领部下劫持了常达，裹挟城中两千人向薛仁果投降。常达见到薛仁果，言辞神色毫不屈服，薛仁果敬重他的气节而释放了他。盗贼首领张贵对常达说：“你认识我吗？”常达说：“你不过是个逃命的盗贼罢了！”张贵大怒，想要杀他，有人出面营救，常达才得以幸免。
辛未日，朝廷追谥隋太上皇杨广为炀帝。
宇文化及抵达魏县后，张恺等人谋划脱离他；事情败露，宇文化及杀了他们。心腹亲信渐渐散尽，兵力日益窘迫，宇文化及兄弟再也没有其他办法，只能聚在一起纵情宴饮，演奏女子歌舞。宇文化及喝醉后，埋怨智及说：“我当初根本不知道，是你出的主意，强行拥立我为领袖。如今一事无成，士兵马匹日渐离散，背负着弑君的罪名，被天下人所不容。现在要被灭族，难道不是因为你吗！”说着抱着自己的两个儿子哭泣。宇文智及大怒道：“事情成功的时候，你从不责怪我；现在快要失败了，却想把罪责推给我，你怎么不杀了我去向窦建德投降呢！”兄弟几人多次争吵打斗，说话不分长幼尊卑；酒醒后又继续饮酒，以此为常。部下大多逃亡，宇文化及自知必定失败，于是叹息道：“人生本来就会死，难道不能当一天皇帝吗！”于是毒死秦王杨浩，在魏县即皇帝位，国号为许，改元天寿，设置百官。