永昌元年己丑，公元689年春季，正月乙卯朔，太后在万象神宫举行盛大祭祀典礼。她身着帝王礼服礼帽，腰插大圭，手持镇圭，担任初献；皇帝担任亚献，太子担任终献。祭祀的顺序先是昊天上帝神座，接着是唐高祖、唐太宗、唐高宗，再是魏国先王，最后是五方天帝神座。祭祀完毕后，太后驾临则天门，大赦天下，更改年号。丁巳日，太后驾临明堂，接受文武百官的朝贺。戊午日，太后在明堂宣布政令，颁布九条训诫来约束百官。己未日，太后再次驾临明堂，设宴款待群臣。

二月丁酉日，太后追尊父亲魏忠孝王为周忠孝太皇，母亲为忠孝太后，将父亲在文水的陵墓命名为章德陵，在咸阳的陵墓命名为明义陵，同时设置崇先府负责相关事务。戊戌，太后又追尊鲁公为太原靖王，北平王为赵肃恭王，金城王为魏义康王，太原王为周安成王。

三月甲子日，张光辅暂代纳言一职。

壬申日，太后向正字陈子昂询问当前治理国家的关键要务。陈子昂退朝后，呈上奏疏，认为：“应当放宽刑罚、推崇德行，停止战事、减轻赋税徭役，安抚皇室宗亲，让他们各自安心度日。”奏疏言辞委婉恳切，论述精辟，篇幅将近三千字。

癸酉日，朝廷任命天官尚书武承嗣为纳言，张光辅暂代内史。

夏季，四月甲辰日，朝廷处死辰州别驾汝南王李炜、连州别驾鄱阳公李諲等十二名皇室成员，并将他们的家属流放到巂州。李炜是李恽的儿子，李諲是李元庆的儿子。

己酉日，朝廷处死天官侍郎蓝田人邓玄挺。邓玄挺的女儿是李諲的妻子，他本人又与李炜交好。李諲曾谋划从庐陵迎回唐中宗，还就此事询问过邓玄挺的意见；李炜也曾经对邓玄挺说：“打算采取紧急行动，你觉得怎么样？”邓玄挺都没有回应。最终他因犯了知情不报的罪，与李炜、李諲等人一同被处死。

五月丙辰日，朝廷任命文昌右相韦待价为安息道行军大总管，率军攻打吐蕃。浪穹州蛮族首领傍时昔等二十五部，原本归附吐蕃，到这时前来投降。朝廷任命傍时昔为浪穹州刺史，让他统领本部族的部众。

己巳日，朝廷任命僧人薛怀义为新平军大总管，率军北上征讨突厥。薛怀义率军行进到紫河一带，始终没有遭遇突厥军队，于是在单于台刻石记功，之后率军返回。

此前诸王起兵反叛时，唯有贝州刺史纪王李慎没有参与谋划，但还是受到牵连被关进监狱。秋季，七月丁巳日，李慎被用囚车押往巴州流放，还被改姓为虺氏，走到蒲州时便去世了。他的八个儿子，包括徐州刺史东平王李续等人，先后被处死，家属也被流放到岭南。

李慎的女儿东光县主李楚媛，自幼以孝顺恭谨闻名。她嫁给司议郎裴仲将后，夫妻二人相敬如宾；婆婆生病时，她亲自熬制药膳并亲口尝过再奉上；对待妯娌也十分友善，深得她们的欢心。当时皇室的女子大多崇尚骄奢，她们嘲笑李楚媛生活简朴，说：“富贵的可贵之处，在于能随心所欲、快意生活。如今你独自坚守勤俭吃苦，图的是什么呢？”李楚媛回答说：“我自幼喜爱礼仪，如今亲身践行礼仪，这难道不是随心所欲吗！纵观自古以来的女子，都以恭顺节俭为美德，以放纵奢侈为恶行。我只担心玷污家族的名声，哪里还有别的奢求呢？富贵本是偶然得来的东西，哪里值得向人炫耀！”众人听后都羞愧不已，对她心生敬佩。等到李慎的死讯传来，李楚媛悲痛大哭，甚至呕出几升血；守丧期满后，她将近二十年都不施粉黛、不做修饰。

韦待价的军队抵达寅识迦河后，与吐蕃军队交战，遭遇惨败。当时恰逢大雪，军粮运输中断。韦待价本就没有领兵作战的才能，此时更是手足无措、陷入困窘。士兵们又冷又饿，伤亡惨重，韦待价只好率领残军撤退。太后得知后勃然大怒，丙子日，下令削去韦待价的官籍，将他流放到绣州，同时处死副大总管安西大都护阎温古。安西副都护唐休璟收拢残余的士兵，安抚安西地区的百姓，太后于是任命唐休璟为西州都督。

戊寅日，朝廷任命王本立为同凤阁鸾台三品。

徐敬业兵败后，他的弟弟徐敬真被流放到绣州，后来趁机逃回，打算逃往突厥。途经洛阳时，洛州司马弓嗣业、洛阳令张嗣明资助他继续前行。徐敬真抵达定州时被官府抓获，弓嗣业畏罪上吊自尽。张嗣明和徐敬真为了保全性命，胡乱牵连天下的名士，谎称这些人都有谋反的意图。于是朝野上下有很多人因此被牵连处死。张嗣明还诬告内史张光辅，说他“征讨豫州的时候，私下议论图谶和天文，对朝廷怀有二心”。八月甲申日，张光辅与徐敬真、张嗣明等人一同被处死，家产也被官府查抄没收。

乙未日，秋官尚书太原人张楚金、陕州刺史郭正一、凤阁侍郎元万顷、洛阳令魏元忠，都被免去死罪，流放到岭南。他们都是被徐敬真牵连，被诬陷与徐敬业合谋反叛。临刑前，太后派凤阁舍人王隐客骑马赶来传旨赦免。赦免的消息传到刑场，即将受刑的人都欢呼雀跃，激动得辗转不已；只有魏元忠镇定自若地坐着不动。有人让他起身，他说：“消息是真是假还不确定。”王隐客赶到后，又让他起身，他又说：“等宣读完敕令再说。”等到敕令宣读完毕，他才缓缓起身，行舞蹈跪拜之礼谢恩，脸上始终没有流露出一丝喜忧的神色。当天原本阴云密布，笼罩四野，赦免张楚金等人之后，天气立刻转晴，天空放亮。

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九月壬子日，朝廷再次任命僧人薛怀义为新平道行军大总管，率领二十万大军征讨突厥首领骨笃禄。

当初唐高宗在位时，周兴以河阳县令的身份被召见，高宗本想提拔任用他，有人上奏说他并非出身清贵的名门，此事便搁置了下来。周兴对此并不知情，多次到明堂等候任命。各位宰相都对他视而不见，当时担任地官尚书、检校纳言，同时兼任同平章事的魏玄同对他说：“周县令还是回去吧。”周兴误以为魏玄同从中作梗，阻碍自己的仕途，便对他怀恨在心。魏玄同向来与裴炎交情深厚，人们因为他们的情谊始终没有改变，称他们为“耐久的朋友”。周兴于是上奏诬告魏玄同，谎称他说过“太后年纪大了，不如辅佐继位的君主，这样才能长久安稳”。太后听后大怒，闰月甲午日，下令赐魏玄同在家自尽。监刑御史房济对魏玄同说：“您为何不主动告密，或许能借此获得召见，趁机为自己辩白！”魏玄同叹息道：“被人杀死和被鬼杀死，又有什么区别呢？我岂能去做告密这种事！”随后从容赴死。太后又派人在隐蔽的地方杀死夏官侍郎崔詧。除此之外，朝廷内外还有很多大臣被处死或流放。

彭州长史刘易从也被徐敬真牵连，戊申日，在彭州被处死。刘易从为人仁厚孝顺、忠诚谨慎，他在街市上将要受刑时，当地的官吏和百姓都怜悯他是无辜的，从四面八方赶来，纷纷脱下自己的衣服扔在地上，说：“愿用这些衣服为长史祈求阴间的福分。”官府清点这些衣服的价值，总共超过十万钱。

周兴等人诬告右武卫大将军燕公黑齿常之谋反，朝廷将他召回京城关进监狱。冬季，十月戊午日，黑齿常之在狱中上吊身亡。

己未日，朝廷处死宗室鄂州刺史嗣郑王李璥等六人。庚申日，嗣滕王李修琦等六人被免去死罪，流放到岭南。丁卯日，朝廷任命春官尚书范履冰、凤阁侍郎邢文伟同为同平章事。己卯日，太后下诏，规定太穆神皇后、文德圣皇后应当配享皇地只的祭祀，忠孝太后陪同配享。

右卫胄曹参军陈子昂呈上奏疏，认为：“周朝称颂周成王、周康王，汉朝称颂汉文帝、汉景帝，都是因为他们能够搁置刑罚、以德治国的缘故。如今陛下的治理虽然已经十分完善，但太平盛世的朝堂上下，百姓都乐于接受教化，不应该总有乱臣贼子每天触犯国法、遭受上天的诛杀。近来大案要案不断增多，被指控为叛逆的人越来越多。我愚昧迟钝，起初以为这些人都罪有应得，直到上月十五日，陛下特地查清囚犯李珍等人无罪并赦免了他们，文武百官都为之庆贺喜悦，纷纷称颂陛下圣明，我才知道原来也有无辜之人落入宽大的法网中。陛下一心致力于推行宽和的法令，而狱官却急于施行严酷的刑罚，这既损害了陛下的仁德，也玷污了太平盛世的清明政治，我私下里对此深感痛惜。另外，陛下颁布敕令赦免张楚金等人死罪的时候，起初风雨交加，随后便转为吉祥的祥云。我听说，阴气凝重代表刑罚严苛，阳气舒朗代表君主德政；圣明的君主效法上天行事，上天也会辅佐圣明的君主。天意既然如此，陛下怎能不顺应天意呢！如今又出现阴雨天气，我担心过错出在狱官身上。凡是被关押在监狱里的囚犯，大多被判处了死刑，民间百姓对此议论纷纷，意见不一。陛下为何不召见所有囚犯，亲自审问他们的罪名？确实有罪的，就公开依法惩处；被冤枉的，就严厉惩治相关狱官，让天下人都心悦诚服，人人都知晓朝廷的政令和刑罚，这难道不是陛下至高无上的德行彰显于世的体现吗！”

天授元年，公元690年，十一月庚辰朔日，冬至。太后在万象神宫举行祭祀大典，大赦天下。朝廷开始采用周历，将永昌元年十一月改为载初元年正月，把十二月定为腊月，夏历正月改为一月。朝廷将周朝、汉朝的后裔封为“二王后”，将舜、禹、成汤的后裔封为“三恪”，北周、隋朝的后裔则享受与列国诸侯同等的待遇。

凤阁侍郎河东人宗秦客，改造了“天”“地”等十二个字进献给太后。丁亥日，这些新字正式推行。太后为自己取名为“武曌”，同时将皇帝的“诏”书改为“制”书。宗秦客是太后堂姐的儿子。乙未日，司刑少卿周兴上奏，请求废除李唐皇室成员的宗族名籍。腊月辛未日，朝廷任命僧人薛怀义为右卫大将军，赐封爵位为鄂国公。

春季一月戊子日，武承嗣升任文昌左相，岑长倩升任文昌右相、同凤阁鸾台三品，凤阁侍郎武攸宁被任命为纳言，邢文伟暂代内史一职，左肃政大夫、同凤阁鸾台三品王本立被罢免，改任地官尚书。武攸宁是武士彟哥哥的孙子。